Ich hab's jetzt mal ganz schlicht mit
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<script type="text/javascript">alert('Hello world!')</script>
getestet. Wenn der ACF eingeschaltet ist (Default), wird das "gefressen". Schalte ich ihn aus (Einstellung "true" im WYSIWYG-Admin) bleibt es drin.
Ich würde das allerdings wirklich nur in Ausnahmefällen empfehlen. Damit meine ich: Ich bin ganz sicher, dass nur verantwortungsbewußte und vorsichtige Admins mit dem WYSIWYG-Editor arbeiten (dürfen).
Eine nicht ganz so drastische Lösung wäre die Anpassung der Konfiguration für den ACF, was allerdings etwas mehr Einarbeitung erfordert.
Edit: Hier ein Beispiel ->
http://stackoverflow.com/a/24575744
Am ehesten würde ich die Droplet-Lösung empfehlen. Ich bau Dir gern eins.